貫通式貨架又稱通廊式貨架、駛入式貨架。此系統貨架排布密集，空間利用率極高，幾乎是托盤式貨架的兩倍，但貨物必須是少品種大批量型，貨物先進后出。首先須進行集裝單元化工作，確定托盤的規格、載重量及堆高。由此確定單元貨架的跨度、深度、層間距，根據屋架下沿的有效高度確定貨架的高度。靠墻區域的貨架總深度最好控制在6個托盤深度以內，中間區域可兩邊進出的貨架區域總深度最好控制在12個托盤深度以內，以提高叉車存取的效率和可靠性（此類貨架系統中，叉車為持續“高舉高打”作業方式，叉車易晃動而撞到貨架，故穩定性的考慮充分與否至關重要）。此類倉儲系統穩定性較弱，貨架不宜過高，通常應控制在10m以內，且為了加強整個貨架系統的穩定性，除規格、選型要大一些外，還須加設拉固裝置。單托貨物不宜過大、過重，通常重量控制在1500kg以內，托盤跨度不宜大于1.5m。常配叉車為前移式電瓶叉車或平衡重電瓶叉車。多用于乳品、飲料等食品行業，冷庫中也較為多見。
閣樓式貨架系統是在已有的工作場地或貨架上建一個中間閣樓，以增加存儲空間，可做二、三層閣樓，宜存取一些輕泡及中小件貨物，適于多品種大批量或多品種小批量貨物，人工存取貨物，貨物通常由叉車、液壓升降臺或貨梯送至二樓、三樓，再由輕型小車或液壓托盤車送至某一位置。此類系統，通常利用中型擱板式貨架或重型擱板式貨架作為主體和樓面板的支撐（根據單元貨架的總載重量來決定選用何種貨架），樓面板通常選用冷軋型鋼樓板、花紋鋼樓板或鋼格柵樓板。近幾年多使用冷軋型鋼樓板，它具有承載能力強、整體性好、承載均勻性好、精度高、表面平整、易鎖定等優勢，有多種類型可選，并且易匹配照明系統，存取、管理均較為方便。單元貨架每層載重量通常在500kg以內，樓層間距通常為2.2m~2.7m，頂層貨架高度一般為2m左右，充分考慮人機操作的便利性。此類系統在汽車零部件領域、汽車4S店、輕工、電子等行業有較多應用。
